全基因組重測序技術(shù)(WGS)是在已有參考序列及其基因功能注釋的基礎(chǔ)上,對相關(guān)基因組進行重測序,尋找不同個體或處理后相對于參考基因組的差異。該技術(shù)可應(yīng)用于檢測各種遺傳突變,如單核苷酸多態(tài)性SNP、體細胞突變SNV,拷貝數(shù)變異CNV等,已經(jīng)成為動植物育種、群體進化、藥物研發(fā)、疾病研究和臨床診斷中較為迅速而有效的方法之一,為篩選疾病的致病和易感基因,研究發(fā)病及遺傳機制提供重要信息。
全基因組重測序技術(shù)(WGS)數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容:
- 標(biāo)準(zhǔn)信息分析
- 去除接頭序列、低質(zhì)量序列得到clean data
- 比對,并統(tǒng)計
- *性序列生成
- SNP檢測、注釋及統(tǒng)計
- InDel 檢測、注釋及統(tǒng)計
- SV檢測、注釋及統(tǒng)計
- CNV檢測、注釋及統(tǒng)計
- 根據(jù)已有數(shù)據(jù)庫的信息對表型或疾病風(fēng)險進行評估
- 癌癥研究的高級信息分析
- 成對的樣本(normal-tumor)SNP/InDel/SV/SNV/CNV檢測、注釋及統(tǒng)計
- 氨基酸置換預(yù)測
- Pathway,GO富集分析
- 篩選出的突變與已有數(shù)據(jù)庫比較(cosmic, dbSNP, HGMD等)
- 重排檢測及注釋
- 選擇壓力檢測以識別出driver gene
- Mutation target network
樣本要求:
- 樣品類型:無降解,無污染的DNA樣品;
- 樣品需求量:≥2μg;
- 樣品濃度:≥50 ng/μl;
- 樣品純度:OD260/280=1.8~2.0