調(diào)控區(qū)域靶向捕獲甲基化測序技術(shù)(LHC-Seq)是通過設(shè)計相應(yīng)的探針序列,特異性捕獲感興趣的基因片段,捕獲序列進一步通過重亞硫酸鹽處理,高通量測序分析目標區(qū)域的甲基化水平。該技術(shù)是大樣本量,固定區(qū)域甲基化檢測的優(yōu)選,可廣泛應(yīng)用于臨床樣本甲基化特異性區(qū)域的鑒定以及與疾病相關(guān)的甲基化Bio-Marker的篩選和驗證。
調(diào)控區(qū)域靶向捕獲甲基化測序技術(shù)可服務(wù)的范圍如下:
- 常規(guī)芯片捕獲服務(wù)包括自主研發(fā)的全基因組啟動子及關(guān)鍵調(diào)控區(qū)域的芯片(promoter capture-BS)、全外顯子芯片(exome-BS)及NimbleGen的SeqCap Epi芯片等
- 個性化探針設(shè)計,可根據(jù)不同需要協(xié)助完成靶區(qū)域的探針合成及相關(guān)服務(wù)
- 提供單樣本雜交和多樣本混合后pooling雜交的服務(wù)策略,可*地降低實驗成本。
數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容
- 數(shù)據(jù)產(chǎn)出、過濾和質(zhì)控
- 下機數(shù)據(jù)過濾和質(zhì)控圖表,去污染、接頭
- 統(tǒng)計reads長度,reads數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)產(chǎn)量
- 數(shù)據(jù)比對、甲基化信息
- 比對結(jié)果、Bisulfite轉(zhuǎn)化率統(tǒng)計,捕獲效率統(tǒng)計
- 目標區(qū)域內(nèi)覆蓋度以及覆蓋深度統(tǒng)計
- 目標區(qū)域內(nèi)甲基化修飾位點及水平結(jié)果
- 甲基化修飾特征
- 目標區(qū)域甲基化修飾水平的特征及統(tǒng)計
- 差異甲基化修飾區(qū)域
- 差異甲基化修飾區(qū)域(DMR)的鑒定和注釋
- 差異甲基化修飾基因
- 差異甲基化修飾基因功能和通路分析。
樣本要求
- 樣品類型:無降解,無污染的DNA樣品;
- 樣品需求量:單個樣本雜交的起始量大于3μg;多樣本混合雜交,每個樣本的基因組DNA量大于1.5μg。
- 樣品濃度:≥30 ng/μl;
- 樣品純度:OD260/280=1.8~2.0,不含蛋白和RNA等污染