染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)(Chromatin Immunoprecipition, ChIP)研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典方法。結(jié)合高通量測序ChIP-Seq可以在全基因組范圍內(nèi)對蛋白結(jié)合位點進行高效而準確地篩選與鑒定,廣泛應用于組蛋白修飾,轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控等相關(guān)領(lǐng)域的研究。
染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù),轉(zhuǎn)錄因子、DNA結(jié)合蛋白、組蛋白的不同修飾可以通過與染色質(zhì)的相互作用直接影響染色質(zhì)的構(gòu)型、構(gòu)象及相關(guān)基因的表達。
數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容:
- 數(shù)據(jù)產(chǎn)出、過濾和質(zhì)控
- 下機數(shù)據(jù)過濾和質(zhì)控圖表,去污染、接頭
- 數(shù)據(jù)比對、tag分布信息
- 比對結(jié)果
- tags在各個區(qū)域內(nèi)的分布
- tag分布可視化
- 組蛋白修飾特征
- Peak基本數(shù)據(jù)統(tǒng)計
- Peak在各個原件的分布情況
- 差異組蛋白修飾區(qū)域
- 差異組蛋白修飾區(qū)域的鑒定和注釋
- 差異組蛋白修飾基因
- 差異組蛋白修飾基因功能和通路分析
樣本要求:
- 樣品類型: ChIP富集的DNA(客戶完成)
- 樣品需求量:≥10 ng的ChIPed DNA
- 樣品濃度:≥1 ng/µl
- 樣品體積:≥20 μl
- 樣品純度:OD260/280=1.8~2.0
- 基因片段大?。悍植荚?00~500 bp范圍,且主帶明顯,提供DNA打斷后的檢測膠圖