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在淀粉分解的同時(shí)，胚乳中的貯藏蛋白在蛋白酶的催化下生成氨基酸，并轉(zhuǎn)移至正在萌動(dòng)的胚中重新合成新的蛋白質(zhì)。
蛋白質(zhì)的分解是在蛋白酶和肽酶的共同作用下進(jìn)行的。種子吸脹后，蛋白酶和肽酶的活性大大提高。蛋白質(zhì)在蛋白酶的作用下水解成多肽；多肽在肽酶的作用下水解成氨基酸和其他含氮化合物。接著大部分水解生成的氨基酸被轉(zhuǎn)運(yùn)至胚并在酶的催化作用下重新排列組合合成新的蛋白質(zhì)，進(jìn)一步形成原生質(zhì)和酶等；還有少數(shù)氨基酸經(jīng)過(guò)轉(zhuǎn)氨基作用與其他有機(jī)酸形成了新的氨基酸。
種子萌發(fā)過(guò)程中，胚乳和胚中的核酸發(fā)生顯著的變化。種子吸脹后，胚乳中的核糖核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）在相關(guān)酶的作用下被大量分解，含量大幅下降。
而胚芽中合成核糖核酸和脫氧核糖核酸卻很旺盛，含量迅速增加。據(jù)測(cè)定，萌發(fā)后 4 小時(shí)～121 小時(shí)，胚乳中的 DNA 減少了 2/3 以上；而胚芽中DNA 的含量卻增長(zhǎng)了 15.9 倍，RNA 增長(zhǎng)了 10.2 倍，可溶性核苷酸增長(zhǎng)了 31.1 倍。休眠的玉米種子體內(nèi)激素活性很微弱，或含量很低。種子吸脹后，激素的活性或含量就會(huì)明顯提高，尤其以生長(zhǎng)素（也叫吲哚乙酸）為代表。
種子萌發(fā)時(shí)，胚乳中生長(zhǎng)素的活性和含量明顯提高。發(fā)芽時(shí)，胚乳中以吲哚乙酸葡萄糖苷和吲哚乙酸肌醇的形式存在的無(wú)活性的IAA（吲哚乙酸）被水解分離成有活性的 IAA；同時(shí)胚乳中的貯藏蛋白質(zhì)分解產(chǎn)生的*也能合成IAA。
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